Tra il 1958 e il 1965, durante la costruzione dell'aeroporto "Leonardo da Vinci", vennero alla luce, all'interno dell'antico Porto di Claudio, i resti di cinque imbarcazioni attualmente esposte nel Museo delle Navi.

Costruito negli anni '70, in prossimità del luogo di rinvenimento, il Museo fu inaugurato nel 1979; accanto ai reperti navali è possibile vedere anche oggetti legati alla vita di bordo ed alle diverse tipologie di materiali trasportati (marmi, contenitori per derrate, ecc.)