L’aeroporto è costituito da due Terminal:

Terminal 1:

Voli di Aegean Airlines, Air Malta, Albastar, Eurowings, Ryanair e Vueling Airlines

Terminal 3:

Voli nazionali, Schengen ed extra-Schengen operati dalle altre compagnie.

Voli diretti negli Stati Uniti e Israele operati dai vettori a bandiera estera.